Thomas Bauer studierte Semitische Philologie, Islamwissenschaften und Germanistische Linguistik an der Universität Erlangen-Nürnberg. Er lehrt an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster Arabistik und Islamwissenschaft und ist Vorstandsmitglied des dortigen Exzellenzclusters „Religion und Politik“.
In der Werkvorstellung vom 6. Dezember 2011 stellte Thomas Bauer sein Buch „Die Kultur der Ambiguität. Eine andere Geschichte des Islams“ vor. Ein wesentlicher Teil des Buches entstand während seines Aufenthaltes am Wissenschaftskolleg zu Berlin im Jahr 2006/2007.
Im Anschluss an seinen Vortrag diskutierte Thomas Bauer mit Friedrich Wilhelm Graf, Professor für Systematische Theologie an der Ludwig Maximilians-Universität München und ebenfalls Fellow des Wissenschaftskollegs im Jahr 2006/2007.
Diese Veranstaltung war eine Kooperation zwischen dem Wissenschaftskolleg zu Berlin, dem "Verlag der Weltreligionen" und dem Exzellenzcluster „Religion und Politik“ an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster.